[ocram]

I fusibili, proteggono dalla sovracorrente , non dalla sovratensione.
Potrebbe essere che lo starter abbia proprio causato una sovratensione che in qualche modo abbia danneggiato la centralina.
Mi sembra strano che tutto il resto funzioni, motorino di avviamento compreso, in caso contrario ti avrei suggerito di controllare il fusibile principale da 30A che sul modello del 2007 sta sotto la sella dalla parte destra (nei modelli successivi non saprei)
Prova ad alimentare la pompa direttamente dalla batteria , e' solo uno scrupolo, visto che comunque non hai tensione sui morsetti, penso che la pompa funzioni.
Controlla che qualche pin dei vari connettori della scatola rele' , non sia rotto .
Gli unici sensori che spengono o non fanno accendere la moto, sono quelli di moto a terra (come hai gia detto tu)e controllo fase albero motore, ma dovrebbe accendersi la spia FI(almeno nel primo caso)