Puoi fare in entrambi i modi, fai come ti è più comodo.
Chiaramente se lasci una pinza montata allora ti concentrerai solo su quella che ti rimane smontata e sarà più facile non far uscire i pistoncini.
Se operi con tutte e due smontate assicurati di mettere qualcosa abbastanza spesso fra i pistoncini o fra le pastiglie freno se le hai montate, così pinzando la leva freno non potranno uscire i pistoncini. Io usavo dei quaderni